L’analyse des eaux usées est déjà utilisée pour suivre la consommation de substances ou certaines épidémies, dont le COVID-19 ainsi que ses variants émergents, alors pourquoi ne pas y avoir recours pour suivre la propagation du monkeypox ou variole du singe ? C’est la proposition de cette équipe de virologues de l’Université Montre-Dame (Indiana) qui détecte l’ADN de l’orthopoxvirus dans les eaux usées avec une précision qui permet presque de devancer la propagation de l’épidémie.
En effet l’équipe, à l'aide de tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR), a développé une technique d’analyse des eaux usées capable de détecter aussi peu d’ADN viral que celui correspondant à 7 infections pour 100.000 personnes. L’équipe démontre ici que l’épidémiologie des eaux usées, aujourd’hui largement appliquée pour surveiller la transmission du SRAS-CoV-2, pourrait être optimisée pour le monkeypox.
Car l’épidémie de monkeypox, un virus qui provoque des éruptions cutanées douloureuses et des symptômes pseudo-grippaux, se propage rapidement dans de nombreuses régions du monde. A ce jour, plus de 50.000 cas ont déjà été recensés dans le monde, selon l’OMS.
Comme le SRAS-CoV-2, le virus de la variole du singe peut être excrété par les personnes infectées
Cette excrétion peut s’effectuer soit par la salive, soit par l’urine et les excréments, des fragments d’ADN viral se retrouvant alors en circulation dans les eaux usées. L’équipe a donc souhaité optimiser et évaluer la performance de cette technique épidémiologique, dans différents scénarii. Les scientifiques ont combiné les données issues de précédentes études sur l'excrétion de l'ADN viral avec les données d’utilisation quotidienne de l'eau par les usagers, ce qui leur a permis d’estimer que :
- chaque personne peut éliminer de 13.000 à 208 milliards de copies du génome par jour dans les égouts, la majeure partie de cette quantité provenant des selles ;
- un seul test PCR effectué au niveau de sensibilité le plus bas, soit 10 copies du génome par litre d'eaux usées, peut, en principe, détecter 7 cas sur 100.000 personnes ;
- ce qui suggère que des tests répétés pourraient probablement identifier des taux d'infection encore plus faibles ;
- un modèle permet également d’estimer le nombre de tests PCR nécessaire pour effectuer ces analyses à l’échelle d’un pays : ainsi, dans le cas de l’incidence estimée le 15 juillet dernier aux Etats-Unis, il faudrait 8 tests répétés pour chaque échantillon pour détecter correctement la variole du singe dans les eaux usées, alors qu'à un taux supérieur, moins de tests seraient nécessaires ;
Enfin, ce modèle informatique qui fait avancer un peu plus l’épidémiologie des eaux usées, s’avère un cadre prometteur pour de multiples programmes de surveillance communautaire.
Source: Environmental Science & Technology Letters 1st Sept, 2022 DOI : 10.1021/acs.estlett.2c00496 Model-Based Theoretical Evaluation of the Feasibility of Using Wastewater-Based Epidemiology to Monitor Monkeypox
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