Le manque de changement de gants systématique, dans certains centres de test COVID-19, en Belgique lieu de l'étude notamment, a entraîné une importante contamination croisée des échantillons et un taux élevé de résultats faussement positifs, révèle cette étude de l’Hôpital universitaire de Louvain (UZ-Leuven). Ces données, présentées lors du Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID 2022), appellent donc à respecter strictement le protocole de test. Avec des conséquences qui peuvent être extrapolées au-delà de ces centres, les faux positifs ont très probablement artificiellement gonflé les chiffres du COVID.
Le déploiement, la généralisation et le volume nécessaire de tests PCR durant la pandémie a généré un certain nombre de défis, dont la pénurie de personnel correctement formé pour effectuer des prélèvements nasopharyngés mais aussi celle de certains dispositifs et équipements de protection individuelle (EPI) qui ont fait défaut autant aux techniciens de laboratoire qu’aux soignant et personnels hospitaliers. C’est le cas des gants qui se révèlent ici comme une source de contamination croisée majeure, dans les centres de test, faute d’avoir été changés entre chaque prélèvement.
Une alerte sur le terrain : les biologistes de l’UZ Leuven ont été alertés du problème lorsqu'un jour de septembre 2021, 70 % des échantillons prélevés dans l’un des centres de test ont été testés positifs -alors qu’à l’époque, le taux de positivité moyen était d'environ 5 à 10 %. De plus, 90% des échantillons positifs comportaient une charge virale très faible, ce qui suggéraient une contamination de l’échantillon plutôt que de la personne testée. Une enquête a donc été diligentée, sur le champ, pour expliquer ces résultats aberrants. L’auteur principal, Bram Slechten explique que son équipe a d’abord exclu l’hypothèse d’une contamination du laboratoire puis a classé les échantillons par ordre chronologique en fonction de l'heure de leur collecte. Tous les patients dont les résultats étaient positifs ont été rappelés pour un nouveau prélèvement le lendemain. 100% d'entre eux, sauf un étaient négatifs. Finalement, c’est l’absence de changement de gants, une collecte d'échantillons à un rythme élevé et la rupture d'un tube qui ont été identifiées comme les causes probables de contamination.
Un dysfonctionnement à grande échelle : une enquête plus large menée sur 4 mois de résultats (juin-septembre 2021) de tests PCR de 11 centres de test pour les faux positifs, avec évaluation des personnels des laboratoires, identifie :
- également des événements possibles de contamination croisée dans 8 des 11 centres de test ;
- le pourcentage d'échantillons suspectés d'être signalés à tort comme positifs varie considérablement par jour et par centre ;
- la moyenne de faux positifs sur 4 mois varie de 0% à 3,4% par centre de test ;
-
le taux le plus élevé de faux positifs identifiés sur un jour et un centre de test donnés est de 20 % ;
- le manque de changement de gants entre chaque prélèvement est confirmé comme la principale source de contamination croisée.
- au point que lorsqu’il est établi que le personnel n’a pas changé de gants entre chaque prélèvement, le risque de contamination atteint presque les 100 % ;
Mais pourquoi le changement de gants n’est-il pas systématique ? L’enquête identifie 4 motifs :
- absence de la consigne dans le protocole ;
- protocole correct mais non suivi en raison du manque de formation des personnels ;
- pas de disponibilité suffisante de gants à la bonne taille ;
- nombre de prélèvements à effectuer en peu de temps, pression.
Corriger les protocoles permet d'aboutir à 0 % de faux-positifs : depuis les protocoles ont été corrigés dans certains centres de tests. Les protocoles ont été complétés, les équipes mieux formées et les stocks d’EPI reconstitués. Le suivi d'un centre de test en particulier confirme l’efficacité de ces mesures : avant l'intervention, ce centre un taux de positivité quotidien de 11 % et un taux moyen de faux positifs de 3,4 % avec des pics à 20 %. Après l'intervention, le taux de faux positifs est tombé à presque zéro.
De nombreux cas de faux-positifs n'ont pas été détectés, ce qui signifie que certains jours, de nombreux patients ont reçu un mauvais résultat et qu’à l’échelle du pays, ou du monde, ces erreurs de protocoles ont pu induire une surestimation du nombre de cas testés positifs.
On retiendra que « le prélèvement nasopharyngé impliquant un contact étroit entre la main du professionnel de la santé, le patient et le tube de prélèvement, il est donc indispensable de changer de gants entre chaque patient ».
Source: European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases (ECCMID 2022) 23 Apr, 2022 Lack of glove changes at COVID-19 testing centres in Belgium led to major cross-contamination of samples and a high rate of false positive results
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