Pour les 300 millions d’adultes et d’enfants vivant dans le monde avec une stéatose hépatique non alcoolique, le développement d’une cirrhose du foie ou la formation de cicatrices, sont des facteurs importants de survie. Dans le cadre de cette étude menée chez des patients atteints de stéatose hépatique non alcoolique, leurs jumeaux et d'autres proches, cette équipe de l'Université de Californie San Diego trouve le moyen de diagnostiquer la cirrhose du foie simplement en analysant les microbes présents dans les selles du patient.
La cause précise de la stéatose hépatique non alcoolique est inconnue, mais l’alimentation et la génétique jouent un rôle important dans son développement. On pense que jusqu'à 50% des personnes obèses sont atteintes de stéatose hépatique non alcoolique, et les personnes ayant un parent au premier degré atteint encourent également un risque accru de développer la maladie. Dans une précédente étude auprès de patients atteints, l’équipe avait déjà découvert un schéma de microbiome intestinal distinguant la stéatose légère et modérée de la maladie avancée, ce qui leur permettait déjà de prédire quels patients étaient plus sévèrement atteints. Dans cette nouvelle étude, l’équipe a regardé si une lecture similaire du microbiome pouvait permettre de détecter la cirrhose.
Aujourd’hui, il est difficile et invasif de détecter une cirrhose du foie avant le stade avancé. Dans le but de pouvoir la détecter de manière plus précoce et plus simple, des chercheurs du Centre de recherche sur la stéatose hépatique non alcoolique du Center for Microbiome Innovation de l'Université de Californie à San Diego identifient des motifs uniques d'espèces bactériennes dans les selles des personnes atteintes. Bref, une signature pour un diagnostic plus facile. Or, être en mesure de diagnostiquer la cirrhose, c’est non seulement pouvoir mieux traiter les patients atteints mais aussi recruter les « bons » participants pour les essais cliniques et, en fin de compte, être en mesure de réduire le fardeau de la maladie. L’auteur principal, le Dr Rohit Loomba, professeur de médecine au Département de gastroentérologie de l’Université de San Diego, commente cette avancée : « la perspective d’un test non invasif des selles pour la cirrhose va contribuer à ouvrir la voie à d'autres diagnostics et traitements sur la base du microbiome notamment des traitements personnalisés pour un certain nombre de conditions ».
Les chercheurs ont analysé la composition microbienne d'échantillons de selles de 98 participants présentant une forme de stéatose hépatique non alcoolique et de 105 membres de leur famille au premier degré, dont des jumeaux. Ils ont séquencé le gène de l'ARNr 16S, un marqueur génétique spécifique des bactéries et de leurs quantités relatives dans les selles, entre autres. L’analyse constate que :
- les personnes qui partagent le même domicile partagent également des profils microbiens similaires dans leur microbiome intestinal, ce qui valide les conclusions de plusieurs études précédentes ;
- les personnes atteintes de formes extrêmes de stéatose hépatique non alcoolique possèdent des microbiomes intestinaux moins diversifiés et moins stables ;
- 27 caractéristiques bactériennes uniques propres aux microbiomes intestinaux, et donc aux selles, sont identifiées chez les patients atteints de cirrhose avec une précision de 92% ;
- le test permet même de différencier l’existence d’un parent au premier degré atteint, d’une cirrhose non diagnostiquée avec une précision de 87% ; ces résultats sont ici confirmés par imagerie par résonance magnétique (IRM : voir visuel ci-contre de scanner du foie avec cirrhose).
Si un tel test microbiotique ou « poop test » semble donc pratiquement réalisable, les chercheurs estiment qu’il pourrait coûter 1.500 dollars lors de son AMM puis aux environs de 400 dollars, quelques années plus tard.
Source: Nature Communications 29 March 2019 A gut microbiome signature for cirrhosis due to nonalcoholic fatty liver disease (Visuel 2 UC San Diego Health)
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