L'étude, menée par une équipe de la Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FASESP) met en valeur toute l'importance du séquençage génétique pour le diagnostic des troubles de la croissance. Elle présente notamment, dans le Journal of Pediatrics, un cas patient difficile, avec de multiples symptômes et affections, qui sans ces techniques, n’aurait jamais pu recevoir de diagnostic.
Il existe de nombreuses maladies rares, notamment les troubles de la croissance, il reste donc difficile d'en identifier un grand nombre. On estime qu’entre 5 et 10 % de la population mondiale souffre d’une maladie rare.
Une petite taille ou une grande taille n'est pas un diagnostic mais un résultat clinique.
« La petite taille peut avoir une cause externe, comme une infection ou une malnutrition. Même si les facteurs génétiques sont toujours importants pour la croissance, dans les troubles syndromiques de la croissance, dans lesquels une petite ou une grande taille s'accompagne d'autres signes tels que déficience mentale, la surdité, un trouble du spectre autistique (TSA) ou une malformation, une altération d'un ou plusieurs gènes est plus susceptible de justifier un tel phénotype complexe ».
Raccourcir « l’odyssée du diagnostic »
L’étude analyse les données de 115 enfants souffrant de maladies considérées comme syndromiques (soit avec plusieurs symptômes associés) et découvre une incidence élevée d'altérations génétiques superposées. Parmi les symptômes superposés figurent la petite taille, une hypoplasie de l’émail dentaire, une déficience cognitive légère, le retard d'élocution, l’asthme, une dérégulation de la glycémie et des antécédents d'infections récurrentes pendant la petite enfance. Ici, avec le séquençage de l’exome, l’équipe est parvenue à préciser le diagnostic pour 63 d’entre eux :
- 9,5 % présentaient un diagnostic multiple.
- ces cas correspondaient à 2 affections monogéniques rares , ou plus, chez le même patient.
Le séquençage de l’exome, qui analyse la partie du génome qui code pour les protéines afin de rechercher des mutations génétiques suspectes. Pour 1 des cas étudiés, les chercheurs les identifient dans les gènes dans GCK et BCL11B avec, pour diagnostics celui du diabète monogénique et du syndrome d’anomalie des lymphocytes T, soit 2 maladies rares. L’identification de la cause exacte du problème et la découverte d’une altération de la glycémie ont permis d’affiner, de manière significative, le choix du traitement. Le séquençage de l’exome permet ainsi de
réduire ce que les chercheurs appellent « l’odyssée du diagnostic »
ou le long parcours que doivent suivre les patients atteints de maladies rares ou complexes. Un type de diagnostic qui peut prendre des années, mais reste également extrêmement coûteux, précise l’un des auteurs principaux, Alexander Augusto de Lima Jorge.
La recherche sensibilise ainsi à l’efficacité des tests génétiques étendus tels que le séquençage de l’exome entier ou du génome entier pour ces les cas complexes de troubles de la croissance, comme seul moyen d’identifier les maladies rares qui peuvent expliquer de tels résultats de santé. Le développement de techniques de séquençage de nouvelle génération telles que le séquençage de l’exome entier ou du génome entier favorise également la découverte de nouveaux gènes associés à des maladies, permet de mieux comprendre -et diagnostiquer- des maladies présentant un degré élevé d'hétérogénéité génétique et permet de traiter les patients atteints de maladies syndromiques complexes, pour lesquelles les diagnostics ne peuvent être facilement établis.
Les chercheurs estiment enfin que le séquençage de l'exome a un taux de réussite d'environ 50 % dans le diagnostic de ces cas plus complexes.
Source: The Journal of Pediatrics Nov, 2023 DOI: 10.1016/j.jpeds.2023.113841 Exome Sequencing Identifies Multiple Genetic Diagnoses in Children with Syndromic Growth Disorders
