Comment les variantes de COVID peuvent être détectées plus rapidement que jamais, c’est ce que nous expliquent ces virologues de l’Université d'East Anglia (UEA), qui documentent, dans le Lancet Microbe, les dernières technologies de génotypage. Des technologies de génotypage qui illustrent les avancées considérables réalisées en matière de diagnostic, en particulier avec la pandémie.
L’équipe révèle que la technique détecte les nouvelles variantes presque 1 semaine plus rapidement que les méthodes traditionnelles de séquençage du génome entier. Cette nouvelle forme de génotypage permet d’alerter les Autorités de santé plus rapidement aussi et de mettre en œuvre presqu’immédiatement, des mesures de contrôle locales et ciblées, comme le traçage des cas par exemple.
L’auteur principal, le professeur Iain Lake, de l’École des sciences environnementales de l’UEA, commente ces avancées : « Lorsque la pandémie a commencé, la variante avec laquelle les personnes étaient infectées était déterminée à l’aide d’une technique très précise connue sous le nom de séquençage du génome entier.
Le séquençage du génome entier est l’outil de diagnostic de référence pour identifier et caractériser génétiquement les variantes. Mais lorsque de grandes populations doivent être évaluées rapidement, son utilité est limitée par sa capacité, son coût et sa rapidité.
Dès le début de 2021, une nouvelle technologie, dé génotypage, permettant de détecter rapidement de nouvelles variantes a « fait son apparition » et a été testée au Royaume Uni, dans les laboratoires NHS Test and Trace.
L’étude des données de plus de 115.000 cas portant sur les variantes du COVID identifiées à la fois par génotypage et par séquençage du génome entier confirme :
- la grande précision du génotypage ;
- la très grande rapidité de la nouvelle technologie qui apporte des résultats sur les variantes 6 jours plus rapidement que le séquençage du génome entier,
- soit des résultats en seulement 3 jours,
- vs 9 contre neuf jours pour le séquençage du génome entier ;
- sa très grande capacité : le génotypage permet de multiplier par 9 la quantité d’échantillons testés pour les variantes. Cela signifie que ces variantes sont détectées chez un plus grand nombre de personnes ;
- son adaptabilité : le génotypage peut être appliqué à la recherche de variantes dans un large éventail d'organismes humains et animaux. Il présente donc un énorme potentiel pour guider la prise de décision en matière de santé publique et le contrôle des maladies à l'échelle mondiale.
« Nous nous sommes rendu compte que le génotypage est bien capable de détecter les variantes connues du COVID plus rapidement et à moindre coût que le séquençage complet du génome. Ce qui nous permet de mettre en œuvre beaucoup plus rapidement les mesures de contrôle et de prévention ».
De telles recherches illustrent les progrès énormes réalisés en matière de diagnostic, en particulier avec le COVID qui a incité les équipes de biologistes et de virologues à mieux se préparer pour les prochaines pandémies.
Source : The Lancet Microbe Jan, 2024 DOI : 10.1016/S2666-5247(23)00320-8 RT-PCR genotyping assays for the identification of SARS-CoV-2 variants in England in 2021: a design and retrospective evaluation study
