Cette nouvelle approche diagnostique pour détecter l’infection COVID-19, développée par des bioingénieurs du Flatiron Institute (New York) promet une précision presque parfaite : en surveillant la réponse moléculaire du corps à une attaque virale, le test permet de diagnostiquer même les patients asymptomatiques avec une précision de 98,4 %.
De plus, la méthode permet de diagnostiquer plus rapidement le COVID-19 et avec plus de précision que les approches existantes, grâce à une technique est basée sur la façon dont le corps exprime les gènes en réponse aux infections. Lorsqu'un gène est exprimé, différents segments du gène créent différentes isoformes d'ARNm. Le mélange de ces isoformes modifie les types de protéines produites, y compris les protéines impliquées dans la lutte contre les virus. En mesurant l'abondance relative des différentes protéines, il devient possible d’identifier en toute confiance le moment où le corps développe une réponse immunitaire au virus SARS-CoV-2.
Evaluer la réponse immunitaire du corps au niveau moléculaire
La méthode peut détecter l’infection quelques heures après l'exposition ce qui constitue un progrès significatif par rapport aux tests actuellement disponibles. En effet, la plupart des tests existants reposent sur « la détection d’une quantité détectable de matériel viral, par exemple, dans le nez », explique l'auteur principal, Frank Zhang, chercheur au Flatiron Institute's Center for Computational Biology.
Combler un vide dans la fenêtre temporelle de l'infection alors que le sujet n’a pas encore développé et accumulé beaucoup de matériel viral ou est asymptomatique, est donc la promesse de la nouvelle technique basée sur la façon dont le corps monte sa réponse immunitaire :
- Lorsque l'assaut commence, des gènes spécifiques s'activent ;
- des segments de ces gènes produisent des molécules d'ARNm qui guident la construction des protéines ;
- ce mélange particulier de ces molécules d'ARNm modifie les types de protéines produites, dont les protéines impliquées dans la lutte contre le virus ; ici, les chercheurs ont utilisé des échantillons de sang de recrues de la marine américaine, prélevés avant et après que les participants aient attrapé le COVID-19. Cette analyse a permis d’identifier plus de 1.000 changements d'ARNm associés à la maladie ;
- en mesurant l'abondance relative des différentes molécules d'ARNm il devient possible de détecter ce processus.
Une approche prometteuse : le même principe pourrait permettre de diagnostiquer d’autres maladies infectieuses. Ici, testée à l'aide d'échantillons de sang réels, la méthode aboutit à un taux de précision impressionnant de 98,4 % et fonctionne aussi bien sur les patients asymptomatiques, pour lesquels les tests antigéniques rapides ne sont précis qu’à moins de 60 %.
La nouvelle approche n'est pas encore disponible en pratique clinique mais ses « inventeurs » sont très optimistes, car d'autres équipes de recherche travaillent sur le même principe de test et ces tests pourraient rapidement constituer un complément précieux aux tests existants, permettant la détection de cas dans les heures suivant l'exposition initiale.
Source: Cell Reports Methods 27 Feb, 2023 DOI: 10.1016/j.crmeth.2023.100395 Blood RNA alternative splicing events as diagnostic biomarkers for infectious disease
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